Μέχρι σήμερα το Ι.Π.Ε. έχει συνάψει 77 Σύμφωνα Συνεργασίας με Ιερές Μητροπόλεις της Ελλάδος. Σε αυτές συμπεριλαμβάνονται οι 14 Ιερές Μητροπόλεις της Κρήτης και των Δωδεκανήσων, όπως και η Πατριαρχική Εξαρχία της Πάτμου, καθώς με απόφαση της Ιεράς Συνόδου του Οικουμενικού Πατριαρχείου και της Ιεράς Συνόδου της Εκκλησίας της Κρήτης έχει υπογραφεί Σύμφωνο Συνεργασίας του Ι.Π.Ε. με την Ορθόδοξο Ακαδημία Κρήτης με τη συνδρομή της οποίας υλοποιούνται τα επιμορφωτικά προγράμματα σε αυτές.
Παράλληλα έχουν υπογραφεί Σύμφωνα Συνεργασίας με το Γενικό Επιτελείο Εθνικής Άμυνας, το Υπουργείο Προστασίας του Πολίτη, το Πανεπιστήμιο Δυτικής Αττικής, τις Θεολογικές Σχολές Ε.Κ.Π.Α. και Α.Π.Θ., το Πανεπιστήμιο Νεάπολις Πάφου, το Εθνικό Κέντρο Δημόσιας Διοίκησης και Αυτοδιοίκησης (Ε.Κ.Δ.Δ.Α.), την Αποστολική Διακονία της Εκκλησίας της Ελλάδος, την Ορθόδοξη Ακαδημία Κρήτης, όπως αναφέρθηκε παραπάνω, την Ομοσπονδία Συλλόγων Ιεροψαλτών Ελλάδος (ΟΜ.Σ.Ι.Ε.) και με φορείς της Ιεράς Αρχιεπισκοπής Αθηνών, όπως η Εθελοντική Διακονία Ασθενών, η Βιβλιοθήκη, το Ίδρυμα Νεότητας και Οικογένειας και το Εκκλησιαστικό Ίδρυμα Βυζαντινής και Παραδοσιακής Μουσικής.
Υπάρχει επίσης συνεργασία και με άλλα ακαδημαϊκά ιδρύματα της χώρας, με το Ευρωπαϊκό Πανεπιστήμιο Κύπρου και με τη Βιβλιοθήκη Αρχιεπισκόπου Ιερωνύμου Β΄ στα Οινόφυτα Βοιωτίας.